В зоологической коллекции музея около 160 единиц хранения. В ней представлены природные композиции, млекопитающие и птицы, обитающие на Таймыре и плато Путорана.
Особый интерес у посетителей музея вызывают животные, являющиеся общеизвестными представителями арктической фауны: северный олень, путоранский снежный баран, росомаха, белый и бурый медведи, лемминг копытный, полярная сова, белая и тундровая куропатки, а также бабочки.
В основном в коллекции представлены птицы, прилетающие в Арктику на летние гнездовья. Самые яркие представители перелетных птиц – краснозобая и чернозобая казарки, гага-гребенушка, малый тундровый лебедь, белолобый гусь и гусь пискулька, орлан-белохвост, серебристая чайка, поморники.
