С тех пор музей ежегодно ко Дню памяти жертв политических репрессий открывает выставки, посвященные истории политических репрессий в СССР, истории Норильлага в т.ч совместные проекты с Музеем Международного общества "Мемориал", Фондом наследия Е.А.Керсновской, Музеем А.С.Сахарова, Центральным музеем военнопленных в Ламбиновице-Ополе (Польша) и др.
За более чем 20 лет работы по инициативе и при непосредственном участии Музея истории НПР было установлено 6 мемориальных досок, созданы мемориальный комплекс на озере Лама, мемориальный комплекс «Норильская Голгофа», памятник «Жертвам Норильлага». Продолжается работа по сохранению исторической среды региона, постоянно инициируются работы по благоустройству Мемориального комплекса «Норильская Голгофа» при поддержке Администрации города Норильска, Заполярного филиала ОАО "ГМК "Норильский никель" и волонтеров.
За этот период выпущены 5 сборников «Норильский мемориал», опубликованы сотни статей в СМИ, созданы циклы передач на радио и телевидении. Сотрудники музея принимали участие в создании документальных фильмов о Норильлаге российских, германских, норвежских, латышских, японских кинодокументалистов. Создана картотека узников Норильлага, народный архив «письма и воспоминания норильлаговцев».
С 1990 года сотрудники музея работают в архивах – УВД Красноярского края (отдел спецфондов ИЦ УВД), Государственном архиве РФ, что и позволило начать работу с картотекой Норильлага, опубликовать материалы по Норильскому восстанию. Уже более 20 лет ведется консультационная, поисковая работа, работа по запросам в правоохранительные органы. Сотням бывшим з/к Норильлага оказана помощь в реабилитации.
В настоящее время музейный фонд письменных источников по истории Норильлага насчитывает более 2000 ед. хранения, не считая картотеки з/к Норильлага и фактографической картотеки Норильлага; вещевых источников – более 200 ед. хранения. Сотрудники музея продолжают работу по комплектованию фонда «История Норильлага», в том числе личными архивами бывших норильчан, ведя с ними обширную переписку.
Проводятся поисковые экспедиции по бывшим лаготделениям и лагпунктам Норильского ИТЛ, брошенным поселкам. Результаты поисковой и научно-исследовательской работы публикуются на выставках, в собственных музейных изданиях и используются журналистами и исследователями в статьях, книгах, электронных изданиях (Норильск, Красноярск, Москва, С-Петербург, Норвегия, Германия и др.).
С 1992 года работники музея ведут систематическую работу с молодежью: в Норильском индустриальном институте – лекции и зачеты по теме истории Норильлага; учащиеся образовательных учреждений города под руководством научных руководителей – сотрудников музея представляют и защищают работы на научно-практических конференциях в Норильске, Обнинске, Минске, Москве.
Продолжается сотрудничество с научно-информационным центром «Мемориал» (С-Петербург); Международным обществом «Мемориал» (Москва), Красноярским обществом «Мемориал»; историко-литературным обществом «Возвращение» (Москва), другими региональными организациями.
С 1990 года проводятся ежегодные Недели памяти, посвященные Дню памяти жертв политических репрессий, которые включают митинг на мемориальном комплексе «Норильская Голгофа», вечера — встречи с бывшими узниками Норильлага, конференции, выставки, экскурсии, статьи в СМИ. Все общегородские мероприятия музей готовит в сотрудничестве с общественной организацией «Защита жертв политических репрессий», руководит которой Елизавета Иосифовна Обст, и Комиссией по восстановлению прав реабилитированных граждан при Администрации города Норильска, членом которой является директор музея.
В разное время с 1989 по 2005 годы участниками Недели памяти были Жженов Г.С., бывшие заключенные Норильлага – Жак Росси, Кугультинов Д.Н., Старицкий Г.Г., Попов Г.А., Пода Л.А., Щеглов С.Л., участники Норильского восстания Любченко А.М., Нетто Л.А., Измайлов Б.Е., режиссер киностудии им. А.Довженко Ткачук М.П., Бабий А.А. — председатель красноярского общества «Мемориал», член правления Международного общества «Мемориал» Даниэль А.Ю., руководитель историко-просветительского центра «Мемориал» (г.Санкт-Петербург) Флиге И.А., хранитель музея-квартиры Л.Н.Гумилева Козырева М.Г. и сын выдающегося астронома – з/к Норильлага Козырева Н.А. – Козырев А.Н. В августе 2005 года началась работа по созданию Музея истории Норильлага – музея истории репрессий. Этот музей должен был завершить музейно-мемориальный комплекс у подножия горы Шмидта на месте первого официального кладбища для вольнонаемных жителей Норильска и заключенных Норильлага. Готовы научно-художественная концепция музея, архитектурный проект, но из-за отсутствия финансирования большая работа по созданию музея пока не реализована. В 2009 году в музей организовал встречу с членами историко-литературного общества «Возвращение» — актрисами московских театров Ольгой Непахаревой и Еленой Токмаковой-Горбушиной, которые показали спектакли по воспоминаниям, рассказам и стихам узниц ГУЛАГа «Дороги, которые мы не выбирали» и «Радость есть!». Зрителями спектакля стали студенты норильских ВУЗов, члены Общественного объединения «Защита жертв политических репрессий», горожане. В октябре 2013 года исполнится 60 лет со дня восстания з/к Норильлага 1953 года и 95 лет со дня рождения Бориса Шамаева – заключенного Норильлага с 1946-1953 годы, участника забастовочного комитета 3 лаготделения Горлага. Музей начал подготовку к проведению Международного круглого стола "Норильское восстание", издание сборника "Норильский мемориал" № 7 (воспоминания о Норильском восстании), выставочный проект к этому событию, а также в рамках мероприятия планируется показ 3-х спектаклей театра "Возвращение", один из которых будет специально к этому событию поставлен на музейной сцене.